Po rezygnacji Winfielda Scotta, 1 listopada 1861, McClellan został wyznaczony głównodowodzącym wszystkich armii Unii. Gdy prezydent wyraził swe zatroskanie "ogromem pracy" związanym z podwójną rolą dowódcy Armii Potomacu również głównodowodzącego, McClellan odpowiedział, że "jest w środku stanie to wszystko robić"[39].
Opieszałość, z jaką McClellan przystępował do walki z siłami Konfederatów zgromadzonymi wokół Waszyngtonu, powodowała jeszcze większe zniecierpliwienie Lincolna, jako plus innych przywódców plus obywateli stanów Północy. Porażka Unii do wnętrza październiku w środku niewielkiej bitwie wobec Ball's Bluff wewnątrz pobliżu Leesburga wzmogła frustrację plus za pośrednictwem osłabiła pozycję McClellana. W grudniu Kongres utworzył komisję do spraw prowadzenia wojny, która stała się solą w środku oku wielu generałów, oskarżając ich o niekompetencję, zaś wewnątrz niektórych przypadkach chociażby o zdradę. McClellan był pierwszym świadkiem wezwanym do złożenia zeznań nim komisją 23 grudnia, tymczasem zapadł na dur brzuszny plus nie mógł stawić się osobiście. Zamiast niego zeznawali podwładni mu oficerowie, którzy inauguracja przyznali, że nie mieli pojęcia o szczegółach strategii ataku na pozycje Konfederatów, co doprowadziło do wielu głosów wzywających do zdymisjonowania McClellana[40].
Reputacja McClellana ucierpiała do tej pory w wyższym stopniu na rezultat obraźliwej niesubordynacji wobec prezydenta. Prywatnie określał mąż Lincolna, którego znał wciąż sprzed wojny jak prawnika pracującego na rzecz Illinois Central, jak "niewiele więcej niż mającego dobre zamiary pawiana", "goryla" plus "niegodnego swojej wysokiej pozycji"[41]. Wieczorem 13 listopada McClellan stopniowy kiedyś obraził odwiedzającego go prezydenta, każąc mu wyczekiwać 30 minut z trudem po to, iżby w końcu użyczyć mu, że poszedł spać także nie prawdopodobnie go przyjąć[42].
12 stycznia 1862 McClellan został wezwany do Białego Domu, gdzie pokój przyjęć zażądał przedstawienia szczegółowych planów wojny. Po razu jednego wiodący prym ujawnił mąż wtedy cel przetransportowania Armii Potomacu drogą morską do miasteczka Urbanna w środku Wirginii powyżej rzeką Rappahannock, iżby oskrzydlić siły Konfederatów w środku pobliżu Waszyngtonu, i później przezwyciężyć 80 kilometrów lądem do wnętrza celu zdobycia Richmond. Odmówił podania dokładniejszych szczegółów proponowanej kampanii chociażby swojemu przyjacielowi, Edwinowi Stantonowi, dopiero co mianowanemu Sekretarzowi Wojny. 27 stycznia Lincoln zarządził, iżby wszystkie armie Unii rozpoczęły ofensywę do 22 lutego — rocznicy urodzin Waszyngtona. 31 stycznia wydał suplementarny rozkaz, do wnętrza którym nakazał Armii Potomacu zaatakować siły Konfederatów poniżej Manassas również Centreville. McClellan od razu odpowiedział 22-stronicowym listem, wewnątrz którym protestował przeciwko zarządzeniu prezydenta plus forsował osobisty program ataku na wskroś Urbannę. List ten był pierwszym losowo przedstawienia prezydentowi szczegółów planów wojskowych. Chociaż Lincoln uważał, że jego plan jest lepsza, z ulgą przyjął fakt, że McClellan w środku końcu zgodził się poczęstować ofensywę również niechętnie zaakceptował jego projekt. Mając wątpliwości co do determinacji McClellana, 8 marca Lincoln jeszcze raz zaingerował wewnątrz jego prerogatywy jak dowódcy armii. Zwołał w środku Białym Domu naradę wojenną, na przestrzeni której zapytał podwładnych McClellana o powiedzenie w środku sprawie planu ataku na wskroś Urbannę. Oficerowie, w środku różnym stopniu, poparli tę koncepcję. Po spotkaniu Lincoln wydał stopniowy rozkaz, wewnątrz którym wyznaczył konkretnych oficerów odpowiedzialnych zbytnio poszczególne jednostki armii, podległych wyraźnie McClellanowi. Sam McClellan nie chciał tego zrobić, zanim nie zobaczy skuteczności swoich dowódców w ciągu walki, nie zważając na że oznaczało to na rzecz niego bezpośrednie komenda ponad dwunastoma dywizjami[43].
Zanim McClellan mógł wbudować do wnętrza byt swoje plany, miały obszar dwójka kryzysy. Po pierwsze, konfederackie siły poniżej dowództwem generała Josepha E. Johnstona wycofały się z pozycji do wnętrza pobliżu Waszyngtonu plus zajęły nowe — na środek dnia odkąd rzeki Rappahannock, co szczerze wykluczyło strategię ataku na Urbannę. McClellan zmodyfikował swoją koncepcję także zdecydował, że jego oddziały zejdą na ziemia w środku Fort Monroe do wnętrza Wirginii plus ruszą na Richmond wzdłuż półwyspu Wirginia, do wnętrza ramach operacji określanej z kolei jak walka półwyspowa. Został pewnie skrytykowany wskroś prasę dodatkowo Kongres, gdy okazało się, że oddziały Johnstona nie ledwie wycofały się niezauważone, przecież też na wskroś całe miesiące udawało im się zwodzić armię Unii pod pomocy atrap artylerii. Przedstawiciele komisji do spraw prowadzenia wojny zwizytowali linie opuszczone na wskroś Konfederatów, po czym radykalni Republikanie wprowadzili rezolucję domagającą się dymisji McClellana, na rzecz przyjęcia której nie udało się tymczasem zyskać wymaganej większości głosów[44]. Drugi destabilizacja puder obszar wspólnie z pojawieniem się konfederackiego okrętu pancernego CSS Virginia, co spowodowało panikę w środku Waszyngtonie także postawiło wspierające operacje marynarki wojennej Unii na rzece James przy znakiem zapytania.
11 marca 1862, wobec pretekstem, ażeby McClellan mógł zadedykować całą swoją uwagę atakowi na Richmond, Lincoln odsunął go z pozycji głównodowodzącego, pozostawiając mu jeno komenda powyżej Armią Potomacu. Nie było jednoznaczne, innymi słowy po udanej kampanii McClellan wróci na urząd głównodowodzącego również ściśle mówiąc pozostało ono nieobsadzone. Lincoln, Stanton również zgrupowanie oficerów utworzyli "Radę Wojny", która decydowała o działaniach wojskowych Unii wiosną 1862. Chociaż Lincoln próbował użyczyć wsparcia McClellanowi poniżej pomocy licznych pozytywnych uwag, pospołu z upływem czasu McClellan zaczął rozróżniać tę zmianę do wnętrza zupełnie innym świetle, opisując ją w charakterze odsetek intrygi "mającej na celu zapewnienie porażki do wnętrza nadchodzącej kampanii"[45].