Po porażce Pope'a wewnątrz drugiej bitwie wobec Bull Run prezydent Lincoln niechętnie zwrócił się do człowieka, który przedtem doprowadził do porządku rozbitą armię. Zdawał sobie sprawę, że McClellan jest doskonałym organizatorem oraz instruktorem żołnierzy, zdolnym zintegrować oddziały armii Pope'a z Armią Potomacu szybciej niż każdy inny. 2 września 1862 Lincoln mianował McClellana dowódcą "fortyfikacji Waszyngtonu oraz wszystkich oddziałów broniących stolicy"[64]. Nominacja wywołała kontrowersje wśród członków Gabinetu, którzy wewnątrz większości podpisali petycję do prezydenta, mówiącą, że "po naradzie jesteśmy zdania, że do wnętrza chwili obecnej powierzenie dowództwa Armii Stanów Zjednoczonych generałowi McClellanowi nie jest bezpieczne"[65]. Prezydent przyznał, że było to "jak sztuka lekarska kaca klinem"[66]. Ale Lincoln powiedział też do swojego sekretarza, Johna Haya: "Musimy zabawić się takich środków, jakie mamy do dyspozycji. Nie ma wewnątrz Armii nikogo innego, który potrafiłby zaopatrzyć w ludzi fortyfikacje dodatkowo choćby do wnętrza połowie w taki sposób poprawnie jako płeć brzydka przywrócić rozstawienie w środku naszych oddziałach. Nawet pod warunkiem w pojedynkę nie potrafi walczyć, to wyśmienicie umie upitrasić do walki innych"[67].
Obawy Północy poprzednio ofensywą Roberta E. Lee ziściły się, kiedy 4 września rozpoczął pan kampanię wewnątrz Maryland, mając nadzieję na uzyskanie poparcia na rzecz Południa w środku tym niewolniczym stanie. McClellan podążył zbyt poprzednio 5 września. Ruszył wewnątrz kierunku Maryland z sześcioma ze swych zreorganizowanych korpusów, liczącymi razem dookoła 84 tysięcy żołnierzy, pozostawiając dwójka korpusy wewnątrz celu obrony Waszyngtonu[68]. Lee podzielił swoje siły na liczne kolumny oraz wkroczył do Maryland szerokim frontem. Udało mu się ponadto wygrać związkowy cekauz do wnętrza Harpers Ferry. Był to ryzykowny zagrywka na rzecz mniejszej armii, jednakowoż Lee polegał na swej wiedzy na zagadnienie temperamentu McClellana. Do jednego ze swoich generałów powiedział: "McClellan jest generałem zdolnym, niemniej jednak ogromnie ostrożnym. Jego wojsko jest nader zdemoralizowana, pogrążona wewnątrz chaosie także nie będzie przygotowana na operacje ofensywne — oznacza to przynajmniej mąż w taki sposób będzie uważał — wskroś trzy oznacza to kwartet tygodnie. Do tego czasu mam nadzieję trafić do rzeki Susquehanna"[69]. Nie była to precyzyjna ocena, toż wojsko McClellana posuwała się do wnętrza letargicznym tempie, zwykle ledwo naokoło 10 km dziennie[70].
Jednak zaraz życie uśmiechnął się do McClellana. Żołnierze Unii przypadkowo znaleźli kopię rozkazu wydanego wskroś Lee, do wnętrza którym podzielił płeć brzydka swoją armię, dodatkowo 13 września dostarczyli go McClellanowi, przebywającemu wewnątrz kwaterze głównej we Frederick. Uświadamiając sobie wagę tego odkrycia, McClellan proch podnieść ręce plus zawołać: "Teraz wiem co zrobić!". Pokazał nakaz swojemu staremu przyjacielowi, generałowi Johnowi Gibbonowi, mówiąc: "Oto dokument, z pomocą którego pokonam Bobbiego Lee, innymi słowy mogę zwijać manatki". Wysłał też telegram do prezydenta Lincolna: "Mam nim sobą wszystkie siły rebeliantów, lecz jestem przeświadczony siebie plus nie tracę czasu. Uważam, że Lee popełnił obowiązkowy pomyłka plus bestialsko się to na zanim zemści. Mam wszystkie jego plany także złapię go do wnętrza jego własną pułapkę, jeśli moi żołnierze staną na wysokości zadania. [...] Przyślę panu trofea"[71].
Pomimo tego popisu brawury, McClellan kontynuował ostrożne działania. Po wysłaniu telegrafu do prezydenta 13 września wewnątrz południe, czekał do następnego ranka, by rozkazać swoim oddziałom wyruszyć na przełęcze South Mountain. Osiemnastogodzinne spóźnienie pozwoliło Lee zareagować, gdyż otrzymał informację odkąd sympatyka Konfederatów, że McClellan zna jego plany. Opóźnienie zmusiło do kapitulacji garnizon Unii w środku Harpers Ferry, jako że odsiecz wysłane na wskroś McClellana dotarły na obszar uprzednio po tym, w charakterze garnizon poddał się oddziałom Stonewalla Jacksona[72]. W bitwie przy South Mountain armii McClellana udało się przecisnąć wskroś przełęcze oddzielające go od momentu Lee, lecz dała płeć piękna też Lee wystarczająco do licha i trochę czasu, tak aby skupić większość swoich podzielonych sił w środku okolicy Sharpsburga. Armia Unii dotarła do potoku Antietam, na brzask od chwili Sharpsburga, wieczór 15 września. Atak, planowy na 16 września, został przekroczony z powodu porannej mgły, pozwalając Lee potem przyrządzić się do obrony z armią z okładem dwójka manto mniejszą, niż dowodzona wskroś McClellana.
Bitwa wobec Antietam miała obszar 17 września 1862, który stał się w najwyższym stopniu krwawym dniem do wnętrza historii wojskowej Stanów Zjednoczonych. Siły Konfederatów, nie zważając na że wiele mniej liczne niż oddziały Unii, uprzedni zdesperowane plus walczyły dzielnie. Pomimo przewagi liczebnej, McClellan nie potrafił skutecznie skupić swoich sił, za sprawą czemu Lee był wewnątrz stanie spychać swoje wojska wewnątrz obronie dodatkowo odeprzeć każdy z osobna z trzech szturmów Unii, dokonanych oddzielnie, raz za razem na lewą stronę, wnętrze oraz prawą stronę pozycji Konfederatów. Ponadto, McClellan nie użył znacznych sił, które proszek do wnętrza odwodzie, iżby zużyć lokalnie odnoszone sukcesy. Historyk James M. McPherson zauważył, że dwójka oddziały, które McClellan trzymał wewnątrz rezerwie, wcześniejszy liczniejsze niż wszystkie siły Lee. McClellan nie użył ich, ponieważ, także jako wewnątrz poprzednich bitwach, sądził, że Lee ma przewagę liczebną[73].
Taktycznie starcie nie została rozstrzygnięta, jak bądź technicznie Lee został pokonany, skoro jak najwyższy opuścił ziemia orna bitwy dodatkowo wycofał się do Wirginii. McClellan zatelegrafował do Waszyngtonu: "Nasze zwycięstwo jest zupełne. Wróg został wyparty do Wirginii"[74]. Oczywistym rozczarowaniem było toż to, że McClellan nie rozbił zupełnie Lee, który dysponował masa mniejszą armią plus był przyparty do Potomaku. Chociaż podwładni McClellana mogą ponosić częściową zaangażowanie zbytnio niektóre opóźnienia (m.in. porażka Ambrose'a Burnside'a przy Burnside Bridge) dodatkowo błędy (atak Edwina V. Sumnersa bez uprzedniego rekonesansu), uprzedni to ledwo lokalne problemy, które nie powinny być wyposażonym większego wpływu na całą armię. Podobnie jako do wnętrza decydujących starciach bitwy siedmiodniowej, sztab McClellana był zlokalizowany za w dużym stopniu od momentu linii frontu, tak aby umożliwiać mu na osobistą ocenę sytuacji na polu bitwy. Nie wykorzystał kawalerii do przeprowadzenia rekonesansu. Nie podzielił się ze swoimi podwładnymi ogólnymi planami bitwy, na wskroś co nie mogli oni uraczyć inicjatywy pozycja swoimi sektorami. Zbyt ochoczo też słuchał rad, iżby nie zastosować swoich rezerw, na przypadek wówczas, podczas gdy wydawało się, że wolno przełamać wnętrze linii obrony Konfederatów. Generał Fitz John Porter pył wobec tego rzec do McClellana: "Pamiętaj, generale, że dowodzę ostatnią rezerwą ostatniej Armii Republiki"[75].
Pomimo że starcie poniżej Antietam zakończyła się taktycznym remisem, uważana jest zbyt ustęp zwrotny wojny secesyjnej dodatkowo zwycięstwo Unii, jako że powstrzymała pierwszą strategiczną inwazję generała Lee na północ oraz pozwoliła prezydentowi Lincolnowi zakomunikować 22 września Proklamację Emancypacji, która weszła wewnątrz byt 1 stycznia 1863. Chociaż Lincoln planował oznajmić ją wcześniej, jego pokój przyjęć doradził mu, ażeby zrobić to tylko po zwycięstwie Unii, ażeby zniknąć wrażenia, że wydano ją z desperacji. Zwycięstwo Unii także proklamacja Lincolna odwiodły Francję plus Wielką Brytanię od chwili uznania Konfederacji. Istnieją podejrzenia, że doszłoby do tego do wnętrza przypadku porażki Unii[76]. McClellan nie wiedział, że plany dotyczące emancypacji zależały od czasu wyniku bitwy.
Gdy McClellan nie ruszył w środku pogoń zbyt Lee po bitwie poniżej Antietam, 5 listopada Lincoln usunął go ze stanowiska dowodzenia. Generał major Ambrose Burnside przejął komenda Armii Potomacu 7 listopada[77]. McClellan napisał do swojej żony: "Ci, na których zdaniu polegam, mówią mi, że bitwę prowadziłem wspaniale również że była niewiasta arcydziełem. [...] Uważam, że zrobiłem wszystko, o co wolno poprosić, podwójnie ratując kraj. [...] Czuje się raczej dumny, że z w ten sposób zmęczoną dodatkowo zdezorganizowaną armią w ten sposób do szczętu pokonałem Lee. [...] Cóż, pewnego dnia losy odda mi sprawiedliwość"[78].