Pierwsze operacje wojskowe McClellana polegały na zajęciu zachodniej części Wirginii, która chciała utrzymywać się wewnątrz Unii, i z kolei utworzyła wcięcie Wirginia Zachodnia. 26 maja McClellan otrzymał sprawozdanie wywiadu, mówiący, że podpalane są kluczowe mosty na linii kolejowej z Baltimore do Ohio wewnątrz tej części stanu. Szybko wprowadzając do wnętrza żywot plany inwazji regionu, wywołał równolegle pierwszą poważną kontrowersję polityczną, oznajmiając mieszkańcom, że jego oddziały nie mają zamiaru wdawać się w środku sprawy związane z własnością prywatną również niewolnictwem: "Pomimo tego, co powiedzieli wam zdrajcy, by was przekonać, że nasze przyjście będzie się wiązało z ingerencją do wnętrza sprawy niewolników, jedną sprawa zrozumcie jasno: nie ostatkiem sił powstrzymamy się od momentu wszelkiej ingerencji tego rodzaju, przeciwnie przeciwnie, żelazną ręką zdławimy jakąkolwiek próbę powstania z ich strony"[19]. McClellan żwawo uświadomił sobie, że przekroczył swoje kompetencje również przeprosił zbyt to do wnętrza liście do prezydenta Lincolna. Kontrowersja nie polegała na tym, że jego zeznanie doskonale różniła się od momentu ówczesnego stanowiska administracji, na to samo na tym, z jaką zuchwałością przekroczył granice swojej ściśle wojskowej roli[20].
Siły McClellana żwawo wkroczyły do zachodniej Wirginii na skroś Grafton również odniosły zwycięstwo do wnętrza niewielkiej potyczce zwanej bitwą poniżej Philippi, w wielu przypadkach uważanej zbytnio pierwszą lądową bitwę wojny secesyjnej. McClellan po razu jednego wiodący prym sam jeden dowodził do wnętrza bitwie wobec Rich Mountain, którą podobnie wygrał, wykazując się jednakowoż dużą ostrożnością dodatkowo niechęcią do użycia swoich rezerw, co stało się cechą charakterystyczną całej jego kariery. Podległy mu dowódca, William S. Rosecrans, gorzko skarżył się, że jego ofensywa nie uzyskał wsparcia obiecanego wskroś McClellana[21]. Mimo to, owe dwójka niewielkie zwycięstwa sprawiły, że McClellan uzyskał status bohatera narodowego[22]. Gazeta "New York Herald" towar o przedtem zatytułowała: "Generał McClellan: Napoleon obecnej wojny"[23].